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Partis de Paris entre le 21 et le 23 novembre 1938, les uns en camion et les autres en train, Griaule, Dieterlen, Laroche et Lebeuf embarquent à Marseille à destination d’Alger puis traversent le Sahara par El Goléa (actuel El Menia), Adrar, Reggane, Aguelhok et Gao, où ils parviennent le 14 décembre après de multiples crevaisons. Prenant ensuite la direction de Mopti, ils passent par Douentza et, en chemin, commencent leurs enquêtes dans deux villages dogon. Repartis de Mopti le 20, ils arrivent le lendemain à Sanga, base de leurs précédentes missions en pays dogon. Ils n’y restent que quelques jours et partent plus à l’est, en Haute-Volta, avec deux de leurs interprètes dogon habituels : Ambara et Koguem Dolo. Le 24 décembre, ils sont à Ouahigouya et le 26 à Baraboulé. Le 27, ils repassent au Soudan français pour aller à Yoro, centre de leurs enquêtes sur les Kouroumba pendant une vingtaine de jours.

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Le 2 janvier, Solange de Ganay les y rejoint après avoir voyagé par avion de Paris à Bamako. Depuis ce gros village situé à la marge orientale du pays dogon, Lebeuf et Ganay effectuent des tournées à cheval plus au nord, jusqu’à Nassouwélé et Youmnétao, à la frontière du Soudan français et de la Haute-Volta. Au même moment, Griaule, qui avait continué vers Hombori avec le camion, prend des photographies aériennes de la zone comprise entre Douentza et Yoro grâce à l’avion militaire du lieutenant Delatre, de l’escadrille de Gao.

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Le 14 janvier 1939, Griaule, Dieterlen et Bonnaure fils retrouvent à Yoro le reste de l’équipe. Quatre jours plus tard, ils se séparent de leurs interprètes dogon et continuent vers l’est, jusqu’à Aribinda, où ils enquêtent du 18 au 26 janvier. Dieterlen quitte toutefois le groupe le 25 pour retourner en pays dogon. Elle y restera jusqu’en mars pour effectuer notamment une grande tournée au sud-ouest de Sanga, jusqu’à Guimini.

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Le 27, les autres membres de la mission partent en direction du Niger et, le 31, ils retrouvent la famille Lebaudy et le couple Dupont à Zinder après être passés par Dori et Niamey. Ils continuent sur Kano, au Nigeria, et, le 3 février, ils atteignent Kousseri, à la pointe nord du Cameroun. Alors que les Lebaudy poursuivent leur route vers la ville tchadienne de Fort-Archambaut (actuel Sarh), Griaule et son équipe fouillent pendant une quinzaine de jours les sites d’Azeguène, Kala-Mouloué, Maltam et Logone-Birni. Ils poursuivent aussi des enquêtes orales auprès des Kotoko, notamment à Goulfey, afin de compléter les informations précédentes sur les Sao. À Fort-Lamy (actuel Ndjamena), Griaule profite aussi de la présence de l’avion militaire du lieutenant Chatelle (de l’escadrille de Bangui) pour prendre des photographies aériennes des cités kotoko et des lieux de fouille.

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Le 18 février, les ethnographes de la mission se dirigent vers le sud du Tchad et, cinq jours plus tard, ils atteignent Kyabé, à côté de Fort-Archambaut. Ils restent dans cette ville ou dans ses environs jusqu’au 25 mars pour y étudier les Sara. Leur destination finale est le lac Iro, situé à une centaine de kilomètres au nord-est de Kyabé. Sur ses rives, en particulier à Boum Kabir (ou Pon-le-grand), ils enquêtent du 26 mars au 14 avril sur les populations goula et koulfa. À Kyabé comme au lac Iro, Griaule s’arrange également avec le lieutenant Chatelle pour prendre des photographies aériennes de la région en décollant de Fort-Archambaut.

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Le 15 avril, Griaule et son équipe font demi-tour pour rentrer en France en camion. Ils repassent par Kyabé et Fort-Archambaut, mais continuent ensuite sur Doba, Moundou, Pala et Léré (au Tchad), Mokolo (au Cameroun), Maiduguri et Kano (au Nigeria), Zinder, Niamey et Tillabéri (au Niger), Gao et Aguelhok (au Soudan français), Adrar, Béchar et Oran (en Algérie). Ils sont de retour à Paris le 20 mai 1939.
La famille Lebaudy et le docteur Dupont empruntent un autre itinéraire, à l’aller comme au retour. Ils partent de France le 7 janvier 1939, rejoignent Alger, puis traversent le Sahara par Ghardaïa, In Salah, Tamanrasset, In Guezzam et Agadez. Ils rejoignent Griaule à Zinder le 31 janvier et, de Fort-Lamy jusqu’au lac Iro, les Lebaudy empruntent la même route que les ethnographes, mais en les devançant. Si le docteur Dupont reste un moment à Fort-Lamy avec sa femme (avant l’envol de celle-ci pour la France, le 16 février), il se rend ensuite à Fort-Archambaut pour effectuer des observations médicales à l’hôpital de la ville ou dans les environs, notamment à Koumra. Il y reste deux mois pendant que les Lebaudy poussent jusqu’à Am Timan, au nord-est du lac Iro, pour y chasser le gros gibier. Leur retour, à partir de la mi-avril, s’effectue par Kano, Zinder, Agadez, Iférouane, In Azaoua, Tamanrasset, Ghardaïa et Alger. Ils regagnent la France le 15 juin 1939.